Die horizontale Elektrophorese, oder auch Agarose-Gelelektrophorese, eignet sich besonders gut zur Trennung von Nukleinsäuren. Die Nukleinsäuren tragen eine negative Ladung und wandern daher alle Richtung Anode, lediglich die Größe und die Struktur der Fragmente bestimmt die Geschwindigkeit.
Die Agarose-Gelelektrophorese ist eine gängige Methode zur Überprüfung einer gDNA- oder RNA- Isolation, zur Detektion von PCR-Produkten, zur Überprüfung eines Restriktionsverdaus und zur DNA-Aufreinigung für die anschließende Klonierung oder Sequenzierung.
Herstellung von Agarosegelen
Agarose ist ein Polysaccharid, bestehend aus den Einfachzuckern D-Galactose und 3,6-Anhydro-L-Galactose, die glykosidisch miteinander verknüpft sind. Die Agarose wird aus der Zellwand von Rotalgen gewonnen und zeichnet sich besonders durch ihre starke Gelierfähigkeit aus. Durch das Aufkochen in einer Pufferlösung, meist TAE- oder TBE-Puffer, löst sich das Agarosepulver und kann dann zu einem Gel gegossen werden. Ein Agarosegel enthält üblicherweise 0,5-3 % Agarose, wobei eine höhere Konzentration bedeutet, dass das Gel kleinere Poren hat und somit für die Auftrennung von kürzeren Nukleinsäurefragmenten geeignet ist.
Unsere Agarosen gibt es in verschiedenen Reinheiten, für verschiedene Fragmentgrößen und mit unterschiedlichen Geliereigenschaften. Unsere Low Melt Agarosen sind besonders gut geeignet für die präparative Elektrophorese, da die isolierte DNA besonders schonend zurückgewonnen werden kann. Als Gelpuffer eignet sich sowohl TAE- als auch TBE-Puffer. Der TBE-Puffer zeichnet sich besonders durch seine Pufferkapazität aus und ist optimal für die Auftrennung von kleineren DNA-Fragmenten geeignet. Der TAE-Puffer eignet sich dagegen besser für die Auftrennung von großen DNA-Fragmenten, da er sich während der Elektrophorese weniger erhitzt und dadurch eine höhere Spannung angelegt werden kann.
Horizontale Kammern und Zubehör
Die Agarose-Gelelektrophorese wird in einer horizontalen Kammer durchgeführt. Die Kammern sind an beiden Enden mit unterschiedlichen Farben gekennzeichnet, die dabei helfen die Kabel in der richtigen Orientierung zu verbinden. Die Farbe Rot steht für den positiven geladenen Pol, die Anode, während Schwarz den negativ geladenen Pol, die Kathode kennzeichnet.
Unsere Kammern sind hergestellt aus robustem Acrylglas und in verschiedenen Größen, für kleine und große Probenmengen erhältlich. Im Lieferumfang ist jeweils die bestellte Kammer mit Sicherheitsdeckel, eine UV-transparente Geltrageschale und ein Satz Kämme, entsprechend der Anzahl an Kammpositionen, enthalten. Die Kammern sind einfach zu bedienen und es gibt es eine Vielzahl an Zubehörartikeln und Ersatzteilen, die eine große Nutzerfreundlichkeit garantieren.
Unsere Kammern sind hergestellt aus robustem Acrylglas und in verschiedenen Größen, für kleine und große Probenmengen erhältlich. Im Lieferumfang ist jeweils die bestellte Kammer mit Sicherheitsdeckel, eine UV-transparente Geltrageschale und ein Satz Kämme, entsprechend der Anzahl an Kammpositionen, enthalten. Die Kammern sind einfach zu bedienen und es gibt es eine Vielzahl an Zubehörartikeln und Ersatzteilen, die eine große Nutzerfreundlichkeit garantieren.
| Best.-Nr. | 2788.1 | 2799.1 | 2850.1 | 9398.1 | 9939.1 | 2941.1 | 3000.1 | 3099.1 |
| Typ | PROfessional I | PROfessional II | PROfessional III | PROfessional III Stretch 20 | PROfessional III Stretch 25 | PROfessional IV | PROfessional V | PROfessional Acetat |
| L x B Gel | 7 x 7 cm | 10 x 10 cm | 15 x 15 cm | 20 x 15 cm | 25 x 15 cm | 20 x 20 cm | 32 x 26 cm | 20 x 24 cm |
| Probenanzahl max. | 32 | 80 | 210 | 280 | 350 | 500 | 672 | |
| Kammpositionen | 2 | 4 | 6 | 8 | 10 | 10 | 12 | |
| Puffervolumen | 225 ml | 300 ml | 500 ml | 1000 ml | 1000 ml | 1200 ml | 1400 ml | |
| L x B x H Gerät | 21 x 9 x 9 cm | 22 x 12.5 x 9 cm | 26.5 x 17.5 x 9 cm | 41 x 17.5 x 9 cm | 41 x 17.5 x 9 cm | 39.5 x 23 x 9 cm | 50 x 28 x 9 cm | 26.5 x 17.5 x 9 cm |
| Geeignet für | Agarose | Agarose | Agarose | Agarose | Agarose | Agarose | Agarose | Acetat |
Auftrennung von Nukleinsäuren in Agarosegelen
Für die Auftrennung von Nukleinsäuren in Agarose-Gelen benötigt man einen Laufpuffer, durch welchen der Strom fließen kann, einen Ladepuffer, der die Probe beschwert und die Laufweite markiert, sowie einen DNA-Marker zur Größenabschätzung.
Unser Sortiment verfügt über TBE- oder TAE-Laufpuffer, in verschiedenen Konzentrationen, als Pufferlösung oder im Portionsbeutel. Der TBE-Puffer zeichnet sich durch seine hohe Pufferkapazität aus. Da jedoch dir Gefahr besteht, dass sich der Puffer während des Laufs stärker erhitzt, sollte eine niedrigere Spannung gewählt werden. Der TAE-Puffer erhitzt sich dagegen nicht so stark und eignet sich, da eine höhere Spannung angelegt werden kann, besser für die Auftrennung von großen DNA-Fragmenten.
Ladepuffer und DNA-Marker gibt es in verschiedenen Zusammensetzungen, speziell für den Lauf von kleinen, mittleren oder großen DNA-Fragmenten.
Visualisierung von Nukleinsäuren in Agarosegelen
Zur Detektion von Nukleinsäuren in Agarosegelen, werden meistens Fluoreszenzfarbstoffe eingesetzt, die in der DNA interkalieren oder an bestimmte DNA-Strukturen binden. Die Färbung kann anschließend mit einem Transilluminator und dem entsprechenden Lichtfilter visualisiert werden.
Der wohl bekannteste Fluoreszenzfarbstoff zum Anfärben von DNA in Agarosegelen ist Ethidiumbromid. Da Ethidiumbromid mutagenes Potenzial hat und dadurch im Verdacht steht Krebs zu erzeugen, gibt es mittlerweile eine Reihe an nicht-toxischen Alternativen, welche sich auch in unserem Sortiment wiederfinden.
Abseits der Fluoreszenzfarbstoffe verfügt unser Sortiment auch über ein Methylenblau-Färbekonzentrat, welches die DNA reversibel anfärbt und bei Weißlicht sichtbar ist.
Der wohl bekannteste Fluoreszenzfarbstoff zum Anfärben von DNA in Agarosegelen ist Ethidiumbromid. Da Ethidiumbromid mutagenes Potenzial hat und dadurch im Verdacht steht Krebs zu erzeugen, gibt es mittlerweile eine Reihe an nicht-toxischen Alternativen, welche sich auch in unserem Sortiment wiederfinden.
Abseits der Fluoreszenzfarbstoffe verfügt unser Sortiment auch über ein Methylenblau-Färbekonzentrat, welches die DNA reversibel anfärbt und bei Weißlicht sichtbar ist.
Extraktion von Nukleinsäuren aus Agarosegelen
Zur Auftrennung eines Restriktionsverdaus oder zur Überprüfung einer PCR, wird meist eine Agarose-Gelelektrophorese durchgeführt, nach welcher die aufgetrennte DNA zurückgewonnen werden muss. Hierfür wird das Gelstück mit dem zu untersuchenden Fragment ausgeschnitten und in ein Reaktionsgefäß überführt. Anschließend kann die DNA mithilfe von speziellen Zentrifugationssäulen, Kits, oder Elutionsgefäßen aufgereinigt werden. Die aufgereinigte DNA kann dann für die Klonierung, Sequenzierung, oder weitere nachfolgende Analysen eingesetzt werden.
Transfer von Nukleinsäuren auf Membranen (Southern-Blot/Northern-Blot)
Um zu untersuchen wie viele Kopien eines Gens im Genom eines bestimmten Organismus vorliegen, kann nach der Agarose-Gelelektrophorese ein Southern-Blot durchgeführt werden.
Für die Übertragung der Nukleinsäuren braucht es eine geeignete Membran, entweder aus Nitrocellulose oder aus Nylon, einen Transferpuffer, Blottingpapiere für die Kapillarkraft und einen Semi-Dry Blotter.
Während beim Southern-Blot DNA-Fragmente übertragen und untersucht werden, dient der Northern-Blot zur Übertragung von RNA. Die Transfermethode bleibt jedoch die Gleiche. Unser Sortiment verfügt über sämtliche Geräte, Puffer und Reagenzien, die Sie für den Nukleinsäure-Transfer auf Membranen benötigen.
Für die Übertragung der Nukleinsäuren braucht es eine geeignete Membran, entweder aus Nitrocellulose oder aus Nylon, einen Transferpuffer, Blottingpapiere für die Kapillarkraft und einen Semi-Dry Blotter.
Während beim Southern-Blot DNA-Fragmente übertragen und untersucht werden, dient der Northern-Blot zur Übertragung von RNA. Die Transfermethode bleibt jedoch die Gleiche. Unser Sortiment verfügt über sämtliche Geräte, Puffer und Reagenzien, die Sie für den Nukleinsäure-Transfer auf Membranen benötigen.
Power Supplies
Zur Erzeugung eines elektrischen Feldes in der Kammer, wird ein Power Supply benötigt, welcher den elektrischen Strom in die richtige Spannung umwandelt. Unsere Power Supplies gibt es mit verschiedenen technischen Parametern, für die Nutzung von Geräten verschiedener Größen, oder für den Anschluss von mehreren Kammern. Unsere Power Supplies lassen sich leicht bedienen, haben einen Timer mit Alarmfunktion und einen hohen Sicherheitsstandard.
Technische Beratung
Unsere Kollegen im Produktmanagement beraten Sie gerne in fachlichen Fragen zur Elektrophorese und unterstützen Sie bei Ihrer Produktauswahl.Telefon: +49 721 5606 - 522
E-Mail: lifescience@carlroth.de
Frau Dr. Hacker